報關員應在對外簽訂的來料加工合同自批准之日起1個月內持下列單證向海關申請辦理合同登記備案手續。點國家外經貿主管部門批准企業成立的文件；點海關頒發的《報關註冊證明書》；點經營單位的公章、報關專用章、合同章和更改章等印模及報關員證件的複印件；（以上為首次開展來料加工業務企業必須遞交的單證）；點審批部門的批准文件或合同備案證明書（如需以外貿易經濟合作部批准立項的項目，還應提供外經貿部批准立項的文件）；點加工單位或外貿（工貿）公司的營業執照；點稅務機關簽發的稅務登記證；點對外簽訂的正式合同副本和料件清單、耗料定額等；點申請單位向海關購買後填寫的簽章的“對外加工裝配進出口貨物登記手冊”；點海關認為必要的其他單證如保函。
（2）接受審核。
加工企業應接受海關對其單證及加工場所、設備等的審核和勘察，特別是首次申請開辦加工裝配業務，或開展當前敏感性商品加工項目的企業，應該向海關詳細介紹企業生產能力、加工工藝、生產組織形式、經營決策機制和企業會計帳冊制度等企業基本情況，以便海關對企業的資信進行評估，為海關分類管理企業提供依據。
（3）領取“登記手冊”。
合同登記備案的目的是為了最後取得通關資格。因此，凡被確認為符合國家政策規定，符合海關監管要求的合同，均可向海關領取已蓋主管海關合同備案專用章及手冊編號的“對外加工裝配進出口貨物登記手冊”。報關員憑此手冊向口岸海關辦理加工裝配合同項下料件、設備進口和加工成品出口通關手續。報關員應妥善保管“登記手冊”，如有遺失，應及時向主管海關報告，並將有關原進出口貨物的單證交主管海關，經海關核查情況屬實的，予以補發。在海關補發“登記手冊”前，有關貨物不得進出口。